Septembre 1939 le voit mobilisé et muté à Cherbourg, ville où il est fait prisonnier par les allemands. Évadé, il rejoint le Général de Gaulle à Londres. 1940 le voit nommé chef des Forces Navales Françaises Libres et participer à l'expédition de Dakar pour y rencontrer les autorités locales, alors fidèles au gouvernement de Vichy. Il participe aussi à la campagne du Gabon, au ralliement de Wallis-et-Futuna, est nommé Vice-Amiral en 1944.
Nommé Haut-commissaire de France et commandant en chef pour l'Indochine par le Général de Gaulle, partisan d'une reconquête de ce pays, il ne peut trouver d'accord avec Ho-Chi-Minh. La guerre d'Indochine débute...
Il meurt le 7 septembre 1964 à Brest. Son corps sera inhumé en Picardie, à Avrechy, berceau de sa famille.