Zuydcoote voit deux hypothèses concernant son toponyme. L'une ferait dériver ce toponyme de sout - sel, et Kot - cabane, rappelant ainsi l'existence probable d'une saunerie ou activité liée au sel en ces lieux : l'autre hypothèse fait dériver ce toponyme de south - sud, et koot côte, soit la côte sud. Un toponyme devant être une localisation précise, nous pencherions pour la première version en raison de tessons de terre cuite rappelant ces vases servant à produire du sel par chauffage de l'eau salée.
Ces deux hypothèses peuvent s'appuyer sur des bases cohérentes. La première, liée au sel, nous laissant envisager l'existence d'une saunerie. Le sel à l'époque étant une denrée précieuse, l'existence de marais littoraux permettant alors cette production. La seconde hypothèse peut s'appuyer sur l'arrivée de migrants nordiques appelant cette côte la côte sud en référence à une côte nord, peut-être plus accueillante, ou moins.
Nous avons retrouvé des formes anciennes pour ce toponyme, avec un Soutcota, en 1120, dans un titre de l'abbaye de Saint Winoc ; toponyme que nous retrouvons avec un Soutcote en 1183. L'année 1273 et le testament d'Adam de Mardike, nous fait voir un Zeutkote. Le partage de Robert de Cassel, marié avec Jeanne de Bretagne, nous découvre un Zoutkote.
