Le 21 mai 1858, était fondée l'Église de l'Annonciation de la Très Sainte Théotokos qui fera naître ce toponyme Blagovechtchensk en mémoire de ce jour de bénédiction.
Avant ce jour de 1858, le village était connu Ust-Zeyskaya et était installé au confluent de la rivière Zeï et du fleuve Amour.
C'est aussi cette même année que le lieu deviendra ville sous le nom que nous voyons maintenant.
Ust-Zeyskaya signifie simplement Embouchure de la Zeïa.