Audierne est un des rares noms de commune dont la francisation soit totalement différente du toponyme breton qui est Gwiaen.
Si le toponyme breton Gwiaen est identique à celui de la rivière proche - le Goyen, le toponyme francisé en Audierne s'appliquait au bourg, et seulement au bourg. Gwiaen - Goyen dans sa forme locale, serait, selon certains toponymistes, un anthroponyme Uuoedgen formé de Uuoed - cri de guerre + Gen- naissance. Selon d'autres toponymistes, il faudrait rechercher une origine hydronymique à Gwiaen, dérivant alors de Gwazh - ruisseau. Signalons que Hodiern est aussi un anthroponyme porté au Bas-Moyen-Âge dont, entre autre, par une abbesse de Locmaria de Quimper et, au XII° siècle, par une vicomtesse de Gourin.
Nous retrouvons présence de ce toponyme - avec néanmoins un doute, en l'an 1284 avec un Kaerhodiern qui s'écrirait sans doute Kerodierne actuellement. Le XIV° siècle nous fait découvrir un Odierna et Trefgouguen nous rappelant qu'Audierne était une trève d'Esquibien ; cela étant toujours rappelé avec le Audierne Trève de 1815.