Connu en occitan sous le toponyme Aigas Mòrtas, nous le retrouvons francisé en Aigues-mortes et signifie simplement Eaux mortes, eaux stagnantes.
La première forme toponymique ancienne est attestée en 1248 dans le cartulaire de l'Abbaye bénédictine de Psalmody sous sa forme latine Aquae Mortuae et, l'exploitation salifère datant de temps immémoriaux, rappelle entre autre ces marais salants.
Il est intéressant de signaler que les habitants d'Aigues-Mortes demandèrent à Saint Louis de nommer l'agglomération naissante du nom de Bona per Forsa - Bonne malgré le hasard ; le nom Aigues-Mortes resta néanmoins en usage jusqu'à nos jours.
