C'est en 1088-1099 que la première forme toponymique ancienne de Zutkerque, en flamand Zuidkerke, nous est attesté et est visible dans le cartulaire de Watten où nous ne lisons sous la forme Zuitkerka. Ce cartulaire nous offrira autre forme avec un Zuutkerkes en 1185 puis nous le reverrons dans le Chronicon Andrense en 1119 avec un Suthekerke puis un Suthguerca vers 1122. Le cartulaire du Chapitre de Saint-Omer nous dévoilera un Zukerka entre les années 1119 et 1124, un Sudkerka en 1159 puis un Suckerka en 1223.
Si le cartulaire de Bourbourg nous laisse lire un Sutkercka en 1182 nous pouvons découvrir un Zuutkerka en 1220. En 1308, le cartulaire de la chartreuse du Val-Sainte-Aldegegonde nous laissera lire un Sudkarke en 1285 alors qu'une charte d'Artois nous offre un Zugherke en 1295.
Les formes toponymiques anciennes pour Zuidkerke - Zutkerque étant fort nombreuses, nous ne vous en présentons que liste limitée et vous livrerons le Sukerka de 1358 puis le Zunequerke en 1375.
Ce toponyme est aisé à comprendre et est issu des mots flamands Zuid = sud et Kerk = Église ; le village s'est donc développé autour de l'Église du sud.
