Marguerittes, en provençal Margarida, est attesté pour la première fois connue en 979 dans le cartulaire de Notre-Dame de Nîmes et se trouve dans la phrase In terminium de villa Virgelosa, que vocant Margarita, loco ubi vocant Margarita, in territorio civitatis Nemausensis - Au bout des terres de Vireglosa, que l'on appelle Marguerittes.
Il semble que ce toponyme dérive du mot latin Margărïta - perle mais aussi trésor.