Brégnier-Cordon est attesté en 1153 sous la forme Breniacus pour la première fois connue dans les écrits ; nous le retrouvons alors dans le cartulaire de l'abbaye d'Ainay. 1265 voit une forme proche de notre prononciation actuelle avec un Brenniez.
Ce toponyme dériverait de l'anthroponyme celte Brennius, anthroponyme dérivant probablement de Bran le corbeau ; mot que l'on retrouve toujours employé en Breton avec un sens identique Bran, ar Vran, le corbeau.