Baneins fait partie de ces rares toponymes qui ont passé les siècles sans trop être déformé par l'usage. Nous retrouvons Baneins sous une forme très proche, Banneins, en 1228 et le retrouvons en 1327 sous l'écriture Baneins.
À l'origine simple seigneurie, Baneins va supplanter le nom originel de la paroisse Athaneins et passer dans l'usage courant pour désigner ce lieu qui deviendra commune à la révolution. Le château, sans doute maison forte, a disparu avec les ans.