Ancy-le-Franc est attesté dans le Cartulaire Général de l'Yonne dès l'année 721 avec un Anciacum. De même source, une simple question de déclinaison nous le fait découvrir en l'an 1080 avec un Anciacus puis un Anceius en 1147.
L'année 1225 est intéressante car elle nous montre un Anceium-Francum rappelant que la ville est franche de droits seigneuriaux. Le Chapitre d'Auxerre nous indique un Ancy-le-Franc dès 1289 puis le Cartulaire de l'Hôpital de Tonnerre un Ancey-lou-Franc en 1295.
Ernest Nègre ferait dériver ce toponyme de l'anthroponyme latin Antius.