Amigny-Rouy est attesté en 1189 pour la première fois connue dans les écrits, date à laquelle nous le découvrons sous les formes Ainiacus et Ameni. En 1210, une charte de l'Abbaye de Saint-Vincent, nous fait connaitre un Amigni puis, le cartulaire de Saint Médard, un Ameingi.
Il semble que ce toponyme soit lié aux espaces marécageux et milieux humides caractéristiques de ce terroir.