Aigueperse, en occitan Guiparsa, est attesté en l'an 1015 sous la forme Aquae sparsae, toponyme faisant bien allusion aux eaux jouant un rôle certain dans la détermination de ce toponyme, et au mot latin dérivant de spargo, sparsi, sparsum - répandre, éparpiller. Il semble que des mares se formant avec les eaux de ruissellement apparaissant après les pluies et, s'éparpillant dans les environs immédiats de l'habitat originel, ont été à l'origine de ce toponyme.