Le cartulaire de Fontenay signale l'existence de Aignay-le-Duc, qui n'est pas encore -le-Duc mais Aignaay, sous la forme latine Aiennacum. en l'an 1136 et 1142. L'année 1145 nous signale un Ennay que nous retrouvons encore en 1150 avec un Agnaium latin. Les années 1157 et 1173 signalent un Aenniay et Aisnay.
Ernest Nègre fait dériver ce toponyme d'un anthroponyme germanique Agino, d'autres d'un anthroponyme latin Athanacus. Il est aussi proposé, mais cela nous semble moins probable, une étymologie dérivant de Ann-, Inn- que liée à l'eau et que l'on retrouve dans des hydronymes comm l'Ain et l'Inn.
