Le cartulaire de Saint-Vaast nous laisse découvrir un Anez locus en l'an 869, puis, pour l'année 890, un Enez dans le Diploma Odonis. Ce n'est qu'en 1469 que nous voyons mentionné un Aignez-lez-Duisans.
Agnez (-les-Duisans) semble pouvoir être relié au nom de la déesse celte Ana, Dana, protectrice des vivants, des morts et les lieux humides, dont les marais. Une autre hypothèse nous permettrait de relier ce toponyme au radical ana- signifiant alors marais et rappelant l'existence de marais caractéristiques.