Agnicourt-et-Séchelles, en picard Nicourt et Séchelle, est attesté en 1128 dans le cartulaire de Foigny sous la forme Agnicort, que nous retrouverons en 1145 avec un Molendium de Aignicurte.
Ernest Nègre fait dériver ce toponyme de l'anthroponyme germanique Agninus ; sans doute un de ces innombrables germains qui vint protéger l'Empire Romain se délabrant, et de -curt, le domaine.